Nguồn gốc Tuần duyên Hoa Kỳ là từ Sở Quan thuế Biển Hoa Kỳ do Alexander Hamilton thành lập nằm dưới quyền của Bộ Ngân khố Hoa Kỳ vào ngày 4 tháng 8 năm 1790. Trạm Tuần duyên đầu tiên nằm ở Newburyport, Massachusetts. Cho đến khi tái thành lập Hải quân Hoa Kỳ năm 1798, Sở Quan thuế Biển Hoa Kỳ là lực lượng hải quân duy nhất của Hoa Kỳ thời xa xưa. Nó được thành lập để thu thuế từ nhóm người mới chính hiệu gồm những người buôn lậu yêu nước. Khi các viên chức này ra biển thì họ được lệnh là ngăn chặn cướp biển nhưng khi đang ở ngoài khơi thì họ có lẽ phải làm luôn nhiệm vụ cứu cấp bất cứ ai đang gặp nạn.[10]

"Đệ nhất Hạm đội" là một cái tên thường hay được sử dụng không chính thức để chỉ Tuần duyên Hoa Kỳ mặc dù không có dấu hiệu nào cho thấy là Hoa Kỳ đã từng chính thức sử dụng cái tên này để ám chỉ Tuần duyên hay bất cứ thành phần nào của Hải quân Hoa Kỳ. Các tên gọi không chính thức này đã và đang vinh danh sự thật rằng giữa 1790 và 1798 không có Hải quân Hoa Kỳ và rằng các tàu của sở quan thuế, tiền thân của Tuần duyên Hoa Kỳ, là các chiến hạm duy nhất bảo vệ bờ biển, thương mại và các lợi ích biển của tân cộng hòa Hoa Kỳ.[11]

Tuần duyên hiện đại có thể được nói là bắt đầu từ năm 1915 khi Sở Quan thuế được sáp nhập vào Sở Cứu nạn Hoa Kỳ (United States Life-Saving Service) và Quốc hội Hoa Kỳ chính thức hóa sự tồn tại của tổ chức mới này. Năm 1939, Sở Hải đăng Hoa Kỳ (United States Lighthouse Service) được sáp nhập vào Tuần duyên. Năm 1942, Cục Hàng hải và Kiểm tra Biển (Bureau of Marine Inspection and Navigation) được thuyên chuyển sang Tuần duyên. Năm 1967, Tuần duyên Hoa Kỳ được chuyển từ Bộ Ngân khố Hoa Kỳ sang bộ mới thành lập là Bộ Giao thông Hoa Kỳ và nằm dưới bộ này cho đến khi được chuyển sang Bộ Nội an Hoa Kỳ vào năm 2002 sau vụ tấn công của bọn khủng bố vào ngày 11 tháng 9 năm 2001.

Trong thời chiến, Tuần duyên hay các thành viên của nó có thể hoạt động như là một lực lượng của Bộ Hải quân Hoa Kỳ. Việc sắp xếp này có một căn bản lịch sử rộng lớn, thí dụ như Tuần duyên đã từng tham chiến trong các cuộc chiến như Chiến tranh 1812, Chiến tranh Mỹ-Mexico, và Nội chiến Hoa Kỳ mà vào lúc đó chiến hạm Harriet Lane đã khai hỏa từ biển đầu tiên để giải vây đồn Sumter. Lần cuối cùng Tuần duyên hoạt động với tư cách toàn phần dưới quyền của Hải quân Hoa Kỳ là trong Chiến tranh thế giới thứ hai. Thường trực hơn, các đơn vị tác chiến và quân sự của Tuần duyên sẽ hoạt động dưới quyền Hải quân Hoa Kỳ hay dưới quyền của các bộ tư lệnh hành quân hỗn hợp trong khi đó các đơn vị khác vẫn sẽ nằm dưới quyền của Bộ Nội an Hoa Kỳ.